Pada tahun 1971 Presiden Republik Indonesia ketika itu mempelopori kegiatan pengawasan mutu benih di setiap wilayah indonesia melalui Keputusan Presiden RI No. 72 Tahun 1971 tentang Pembinaan, Pengawasan Pemasaran dan Sertifikasi Benih. Kegiatan ini merupakan fungsi pusat dan harus terpisah dari kegiatan pengadaan benih yang menjadi fungsi daerah. Dalam perkembangannya terjadi kompleksitas kegiatan penangkaran benih dan masalah mutu benih di lapangan sehingga menuntut adanya suatu instansi pemerintah yang mampu mengelola pengawasan mutu benih di setiap wilayah di Indonesia. Hal tersebut kemudian melatarbelakangi dibentuknya Unit Pelaksana Teknis (UPT) Balai Pengawasan dan Sertifikasi Benih (BPSB) di setiap wilayah di Indonesia sehingga pelayanan sertifikasi benih dan pengawasan peredaran di masing-masing provinsi dapat terlayani.
Sejarah pendirian UPTD PSBTPH Kalimantan Timur bermula ketika terbit SK Menteri Pertanian RI No. 529/Kpts/Org/8/1978 Tanggal 24 Agustus 1978 tentang Balai Pengawasan dan Sertifikasi Benih, yang mendasari pembentukan 13 BPSB dan 14 Satuan Tugas di Seluruh Indonesia menjadi salah satu UPT Departemen Pertanian. Pada tahun 1982 terbentuk BPSB Wilayah XI Kalimantan Selatan yang membawahi wilayah kerja meliputi 3 wilayah yaitu : Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah dan Kalimantan Timur. Pada tahun itu juga secara resmi Koordinator BPSB XI wilayah Kalimantan Timur terbentuk dan mulai aktif yang mana rintisan BPSB Kalimantan Timur masih tergabung dengan Departemen Pertanian Kanwil Kalimantan Timur, yang dipimpin seorang kepala wilayah kerja BPSB yang merangkap sebagai Kasubdin Bina Produksi. Berdasarkan SK Ditjen Tanaman Pangan dan Hortikultura Nomor SK. I.KH.050.84.83 tanggal 17 Desember 1984 maka Koordinator Wilayah berubah menjadi Satuan Tugas BPSB TPH XI Wilayah Kalimantan Timur. Penyempurnaan struktur organisasi dan tata kerja BPSB kemudian dilakukan dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Menteri Pertanian No 468/Kpts/OT.210/6/1994 tanggal 9 Juni 1994 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pengawasan dan Sertifikasi Benih Tanaman Pangan dan Hortikultura Penamaan BPSB berubah menjadi Balai Pengawasan dan Sertifikasi Benih Tanaman Pangan dan Hortikultura (BPSBTPH), yang merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) dari Direktorat Jenderal Tanaman Pangan dan Hortikultura di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Bina Perbenihan, dan secara administratif operasional dikoordinasikan oleh Kepala Kantor Wilayah Departemen Pertanian Kalimantan Timur. Selanjutnya Sejak mulai tanggal 26 Desember 2000 Satuan Tugas Kalimantan Timur berpisah dari induk BPSBTPH XI Kalimantan Selatan dan berdiri masing-masing. Satuan Tugas Kalimantan Timur pun menjadi Balai Pengawasan dan Sertifikasi Benih Tanaman Pangan dan Hortikultura XXII Kalimantan Timur.
Tugas pokok baik pada waktu stuktur Satuan Tugas BPSB TPH XI Kalimantan Timur maupun pada waktu stuktur BPSB TPH XXII Kalimantan Timur adalah tetap sama yaitu melaksanakan sebagian tugas pokok Direktorat Jenderal Pertanian Tanaman Pangan khususnya dibidang Pembinaan dan Pengawasan Mutu Benih Tanaman Pangan, dengan wilayah kerjanya seluruh Kabupaten/Kota dalam Provinsi Kalimantan Timur.
Sejalan dengan perkembangan kebijakan pemerintah yang mendukung adanya semangat Otonomi Daerah maka terjadi pelimpahan kewenangan BPSB TPH XXII Kalimantan Timur dari UPT Pusat ke Pemerintah Provinsi meliputi seluruh personel dan aset yang dimiliki. Penguatan dasar hukum organisasi dilakukan melalui Peraturan Daerah Nomor 16 tahun 2001 tanggal 24 September 2001, yang mengesahkan pembentukan Unit Pelaksana Teknis Dinas (UPTD) Pengawasan dan Sertifikasi Benih Tanaman Pangan dan Hortikultura Provinsi Kalimantan Timur. Sesuai semangat akuntabilitas kinerja dan tuntutan efisiensi serta efektivitas kerja instansi, pemerintah mengeluarkan Peraturan Pemerintah No 41 tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah. Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur kemudian melakukan beberapa beberapa struktur organisasi di setiap organisasi perangkat daerah dan UPTD-nya termasuk BPSBTPH Kalimantan Timur sehingga pada tahun 2009 BPSBTPH Kalimantan Timur dibentuk kembali melalui Peraturan Gubernur Kalimantan Timur Nomor 19 Tahun 2009 tentang Pembentukan Susunan Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Dinas pada Dinas-Dinas di Kalimantan Timur menjadi Unit Pelaksana Teknis Dinas (UPTD) Pengawasan dan Sertifikasi Benih Tanaman Pangan dan Hortikultura Provinsi Kalimantan Timur. Maka berdasarkan surat keputusan tersebut Unit Pelaksana Teknis Dinas Pengawasan dan Sertifikasi Benih Tanaman Pangan dan Hortikultura Kalimantan Timur dipimpin oleh seorang kepala yang berada dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala Dinas Pangan, Tanaman Pangan dan Hortikultura Provinsi Kalimantan Timur, yang mempunyai tugas untuk melaksanakan sebagian tugas Dinas di bidang kultivar dan sertifikasi benih, pengujian benih secara laboratoris, pengawasan peredarannya, ketatausahaan dan pelayanan masyarakat.
Secara umum gambaran UPTD PSBTPH Provinsi Kalimantan Timur dapat dilihat sebagai berikut :
4. Luas lahan bangunan :
